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As vagens, caules e folhas são cobertas com cabelos marrons ou cinzentas finas. As folhas são trifolioladas, com 3-4 folíolos por folha, e os folhetos são 6-15 cm de comprimento e 2-7 cm largura. As folhas caem antes que as sementes estão maduras. As flores, auto-férteis, são suportadas na axila da folha e são brancas, rosas ou roxas.
O fruto é uma vagem peluda que cresce em grupos de três a cinco, cada vagem é 3-8 cm de comprimento e, geralmente, contém 2-4 (raramente mais) sementes de 5-11 mm de diâmetro.
A soja ocorre em vários tamanhos, e em muitas cores casco ou semente revestimento, incluindo preto, marrom, azul, amarelo, verde e manchado. O casco do grão maduro é duro, resistente à água, e protege o cotilédone e do hipocótilo contra danos. Se o revestimento de semente está rachado, a semente não germina. A cicatriz, visível no revestimento de semente, é chamado o hilo (cores incluem preto, marrom, lustre, cinza e amarelo) e em uma extremidade do hilo é a micrópila, ou pequena abertura no revestimento de semente que pode permitir a absorção de água para germinar.
Notavelmente, tais como sementes de soja contêm níveis muito elevados de proteína pode ser submetida a dessecação e ainda sobrevive e revive após absorção de água.
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